Variasi Genetik Gen Myostatin Ekson 3 pada Sembilan Bangsa Kambing Lokal di Indonesia

ABSTRAK

Gen myostatin berperan dalam membantu mengendalikan pertumbuhan dan perkembangan jaringan otot. Identifikasi keragaman genetik pada sembilan bangsa kambing lokal Indonesia telah dilakukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh informasi keragaman gen myostatin ekson 3 pada kambing lokal di Indonesia. Sebanyak 10 sampel dipilih dari 80 sampel darah kambing yang dikoleksi terdiri masing-masing sampel dari populasi kambing, yaitu bangsa kambing Samosir, Muara, Kacang, Kosta, Peranakan Etawah, Burawa, Gembrong, Boer, dan Boerka. Keragaman gen dan perubahan basa nukleotida diidentifikasi dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR) dan teknik sekuensing. Hasil analisis menunjukkan bahwa ada delapan variasi yang diidentifikasi sesuai dengan yang ditemukan dalam hasil sekuensing. Variasi delesi ditemukan pada kambing Kosta dan Samosir pada posisi basa T552- dan G560-. Variasi substitusi nukleotida ditemukan pada kambing Gembrong (A7C & A11T), Peranakan Etawah (T10A & A11T), Burawa (T10A & A11T), Muara (A11T), Samosir (A11T), dan Boerka (A182T, T437A, T439A, & A445G). Variasi pada puncak kromatogram yang saling tumpang tindih terdapat pada posisi basa ke-13. Analisis varian menunjukkan bahwa terdapat mutasi khusus pada ekson 3 yang memengaruhi asam aminonya, yaitu tyrosin menjadi lisin. Varian yang ditemukan pada sembilan bangsa kambing berkaitan dengan hubungan kekerabatan dan jarak genetik yang dimiliki setiap kambing, dimana kambing Boerka memiliki tingkat keragaman tertinggi, hal ini menunjukkan bahwa kambing Boerka merupakan hasil persilangan.

 

Kata kunci: kambing, myostatin, PCR, tipe mutasi gen

 

ABSTRACT

Myostatin gene plays a role in helping to control the growth and development of muscle tissue. Identification of genetic diversity in nine local goat breeds in Indonesia has done. The aim of this study was to obtain information myostatin gene diversity of exon 3 in local goats in Indonesia. The total of 10 samples was selected from 80 samples of goat's blood collected comprising each sample of the population of goats breeds, i.e., Samosir, Muara, Kacang, Costa, Peranakan Etawah, Boerawa, Gembrong, Boer, and Boerka goats. The gene diversity and nucleotide base changes were identified by using polymerase chain reaction (PCR) and sequencing techniques. The analysis showed that there is eight variant identified in appropriate with those found in sequencing results. Deletion variations were found in Costa and Samosir goats in T552- and G560-. Substitution variations were found in Gembrong (A7C & A11T), Peranakan Etawah (T10A & A11T), Burawa (T10A & A11T), Muara (A11T), Samosir (A11T), and Boerka (A182T, T437A, T439A, & A445G). Variations on the chromatogram peak overlapping contained in the base position to 13. Analysis of variance showed that there was a special mutation in exon 3 that affects the amino acid tyrosine into lysine. Variants were found in nine goat breeds associated with phylogenetic and genetic distance of goats, Boerka goat has the highest level of genetic variation, it indicated that Boerka goat was crossbreed.

 

Keywords: goats, myostatin, PCR, types of mutation genes

  

Download Abstrak.

Close
Bahasa